旧日本的统治者是德川幕府，其统治中心在江户城，“王政复古”以后，仍以天皇为名义上的领袖，而以萨、长、土、肥等西南藩阀为核心的新政府在京都成立，随即新政府挥师东征，庆应四年三月进入江户，可以说新旧两大势力的斗争至此已经大局底定，战争应该可以结束了。
但是日本并不是一个中央集权制国家，幕府将军在关东还有一大批小弟呢！东部的诸侯们可以容忍新政府的产生，却不能容忍新政府大权都掌握在西南藩阀手中，他们要求有自己的一席之地。如果那些倒幕派志士真的为国为民，毫无私心的话，这一问题本是很好解决的。可惜别说给他们这些外人安排地方，新政府的内部都挤的够呛。萨、长之间矛盾重重，大久保利通、西乡隆盛一直想要把实权都抓在萨藩志士手中，着力排挤和打压长藩志士，而长藩的大村益次郎数次指挥战斗，都以萨摩兵为先导，表面上是“好钢要用在刀刃上”，实际却是想用萨摩人的性命为长州执政铺平道路。新政府一成立，自己人就开始争权夺利了，怎么还可能容许外人来分一杯羹呢？
“我们忠诚尊王，不惜抛头洒血，你们东国各藩一直当幕府的走狗，现在却想摇身一变成为新政府的一员，世上哪有这种惠而不费的美事？”看透了东边心思，西南藩阀们全都在心里骂娘。
庆应四年五月，仙台藩主伊达庆邦、米泽藩主上杉齐宪向新政府奥羽镇抚总督九条道孝提出，希望宽大处理会津藩。会津乃是幕府的亲藩，藩祖保科正之本是德川秀忠的第四个儿子，过继给谱代保科正光，继承保科的苗字，保科氏先被封在信浓高远，继而移封出羽山形，最后换到富庶的陆奥会津，并且恢复了本家松平的苗字。会津藩主松平容保，是佐幕的急先锋，尊攘志士无不对其恨之切齿，非要除之而后快。
其实仙台、米泽这些外样大名，与松平容保的关系也一般，根本没有为松平氏出头的理由。他们不过是想藉此来观察新政府的态度，看看新政府将会怎样处理东北各藩而已。结果九条道孝悍然拒绝了两家的请求，于是以会津松平氏、出羽庄内酒井氏两藩为首，于六月二十二日成立了“奥羽同盟”，共同抗拒新政府军的北上。其后北越后长冈、新发田等藩也陆续加入，是为“奥羽越列藩同盟”，总共大小三十一家诸侯。北越后的长冈藩，加入联盟的时间很晚，但是表现非常抢眼，因为他们冤枉啊！
扫荡了江户周边的绊脚石之后，大村益次郎便开始横扫关东，结果新政府军在北陆地区却陷入了苦战。当年的四月二十七日，新政府军北陆方面军占领了越后中西部的小千谷，传令附近诸侯迅速表明态度，是支持新政府，还是支持“朝敌”德川氏。
消息传到七万石的幕府谱代长冈牧野藩，家老河井继之助召集群臣商议对策，部分家臣倾向于新政府，部分倾向于旧幕府，互相攻讦不休。最终河井继之助敲定了“武装中立”的方针，并且亲自前往小千谷去和新政府军谈判。
河井继之助希望新政府军考虑长冈藩内舆论无法统一的矛盾处境，暂且绕过长冈藩东进，然而这个要求却被新政府军军监岩村精一郎一口回绝了。继之助劝说道：“德川氏已经表示恭顺，江户城也打开了城门，时至今日，战争已经毫无必要了。如果开战，只能导致生灵涂炭和国家疲弱，西方列强趁虚而入。贵军暂且绕路而行，以待本藩内部继续讨论对策，又有何不可？”
继之助所言很有道理，然而从新政府军的角度来看问题，是不能在长冈藩向背不明的情况下轻率东进的，那样等于在自己背后埋下了一颗*。最终谈判破裂，恼羞成怒的河井继之助回到长冈，立刻秣兵厉马，准备和新政府军恶战一场。
不过长冈一个区区七万石的小地方，虽然经过河井继之助多年经营，兵强马壮，也终究是无法与新政府大军相抗衡的。于是继之助就加入了以北陆和东北地区旧幕府亲藩、谱代为主体所组成的“奥、羽、越列藩同盟”，求取援兵，共同拒敌。
同盟军北陆地区的主将就是河井继之助，而新政府军的实际指挥者是北陆道镇抚总督府参谋、长州重臣山县狂介。双方于五月十日首先在信浓川边交上了火，第一回合，因为尾张藩兵的临阵退缩，新政府军吃了个大败仗，随即山县狂介率领长州军于十一日展开全面反攻，占领朝日山制高点，扭转了败局。十三日凌晨，同盟军对朝日山发动猛烈攻击，新政府军不敌败退。十九日，山县狂介率军绕道奇袭并且攻占了长冈城，给同盟军造成了心理上的沉重打击。
到了六月份，奥、羽、越各地同盟诸侯的援军纷纷开到前线，而解决了上野“彰义队”问题的新政府东海方面部队也陆续向北增援，双方实力同时壮大，新的激战一触即发。七月二十七日，河井继之助利用对附近地理非常熟悉的优势，派兵奇袭长冈，夺回了藩城。然而正当他想要乘胜追击，彻底击溃新政府军的时候，却发现战斗力闻名天下的萨摩军大举来援，并且已经逼降了长冈西面的新发田沟口藩。
在与萨摩军的恶战中，河井继之助腿部中弹，被迫退离战场。失去了主将的同盟军就此分崩离析，各藩逐一被新政府军或攻破，或逼降，二十九日，新政府军第二次攻占长冈城，宣布了“北越战争”的终结。
山县狂介第一次奇袭并且占领了长冈城的时候，河井继之助曾向新发田等藩求救，然而新发田藩主沟口直正在出阵当日却遭到领内数百农民的阻拦。这些农民以大庄屋（地主）小川五兵卫为首，手持木棒和竹枪，拦在城门前高呼道：“不能和官军为敌，否则定将灭亡！”沟口直正无奈，只得退入城中，随即就与山县狂介暗通款曲，投降了新政府军。
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