深悉中国传统“天下观”的日本，在明治维新后全面西化。这种身份在清廷面前于是乎就成了巨大的优势：他们了解西方的近代外交理念的同时，又深悉清廷传统“外交观”的种种漏洞，及其与西方近代外交理念的种种冲突之处。如何利用这种优势在清廷身上获利，成了明治政府维新之后工作的重中之重。征韩论与夺取琉球，之所以在明治维新之后甚嚣尘上，便是日本人深知大清在这方面的漏洞。
在清廷，“置之化外，未便穷治”，是“天下观体系”下的政治词汇。日本人并非不知，但现实需要，他们故意将之放置到了近代“世界观体系”下理解，于是就成了：清廷承认台湾东部番地无主。
此次交涉影响范围不大，但也引发了朝廷之外的一些言论。这些言论，又恰恰是日本所需要的。譬如副岛种臣来访半月之后，受北满州影响提前问世的《申报》，便刊载了署名为“岭南莲塘生”的一篇稿件，基本上可以代表当时大多数中下层士大夫们的普遍看法。“岭南莲塘生”说：“盖台湾一带，虽系中华之地，而台湾府属界，居海岛边境。至于生番，则又深居内地；虽统称台湾，实非台湾府属可管也。且生番蛮类，未晓人性，不入王化，非我朝百姓；与中土何碍焉！”
其中的“不入王化”、“非我朝百姓”等言辞，正合日本人之心。但在“岭南莲塘生”的本意，却并不涉及国家疆域问题，所指均属文化层面。两套彼此交叉、互相矛盾的“世界认知体系”及其衍生出来的不同的外交游戏规则，被日本政府轻易地操纵于股掌之间，而清廷举国朝野竟毫无察觉。
有了内外的一致铺垫，日本政府紧急通过了《台湾蕃地处分要略》，并不顾北海道的战火刚刚熄灭，加急组织了侵台军，名曰：“台湾生番探险队”。《要略》的重点便为副岛种臣使团所取得的“外交成果”：“台湾土番部落,为清国政府政权所不及之地。其证据具见清国自来所刊行的书籍之中,而当前任参议副岛种臣使清之际清廷官吏所作答语,尤其显然,故视之为无主之地,具备充分理由。是以报复杀害我藩属琉球人民之罪,为日本帝国之义务,而征番之公理,亦可于此中获得主要根据。”
日本出兵台湾在即，台湾道在给闽浙总督的文件里却将此事的权重放置在“剿办彰化廖匪”一事之后，并称：“牡丹社系属番界，彼如自往剿办，在我势难禁止。”虽然担心日本人胜利后会盘踞番社不走，但给出的处置建议仍是消极的“一切惟以镇静处之”。这自然正是日本人所希望的清廷的反应，台湾地方官丝毫没有意识到此事关乎中国在台湾东部番地的领土主权。
一切似乎都超乎想象的顺利，但是当日军讨“番”统领西乡从道将出兵台湾的照会直送闽浙总督李鹤年处时，却出乎意料地遭到了李鹤年的强硬反击。此后李鹤年更是多次照会西乡从道，其中名言：“本部堂查台湾全地，久隶我国版图。虽其土著有生熟番之别，然同为食毛践土已二百余年。……查万国公法云：凡疆内植物、动物、居民，无论生斯土者、自外来者，按理皆当归地方律法管辖。……据此各条，则台湾为中国疆土，生番定归中国隶属，当以中国律法管辖，不得任听别国越俎代谋。兹日本国中将照会，以台湾生番戕杀遭风难民，奉命率兵深入番地，殛其凶首，以示惩戒。在生番迭逞悍暴，杀害无辜，即按以中国之法律，亦所必诛，惟是台湾全地素属中国，日本国政府并未与总理衙门商允作何办理，迳行命将统兵前赴，既与万国公法违背，又与先时所换和约内第一、第二两条不合。”
李鹤年态度的突然强硬，是因为西方几个看热闹的出声了。最先是英国驻华大使威妥玛致函总理衙门，告知清廷日本出兵台湾一事，并在信中询问“生番居住之地，是否隶入中国版图”。稍后，英、法两国使节以及总税务司赫德也先后前往总理衙门，询问台湾生番所居之地是否中国领土。尤其重要的是，英国通过驻华使节，将来自英国驻日大使阿礼国获知的信息告知中国：“内称据东洋意见，台湾岛自某处迪南，皆不隶中国版图之内”。
威妥玛强调，清廷对台湾番地主权等认定，与英国针对此事的外交态度密切相关。如果中国认为番地不属于中国版图，则英国政府对英国民众协助日本出兵台湾不做任何限制。如果清廷认定台湾属于中国版图，则英国政府将明令禁止英国民众参与日军出兵台湾一事。法、美各国所持意见，与英国大致相似。
正是因为有了这样的变化，清廷正是明发上谕，声明：“生番地方，本系中国辖境，岂容日本窥伺。”并派沈葆桢带率领轮船军队，以巡阅为名，前往台湾生番一带察看，“不动声色，相机筹办”。李鹤年的强硬照会，与稍后的上谕精神完全一致。英、法、美诸国也均照会清廷，表示对日本的行为不予支持。
但李鹤年显然仍对领土主权为何物不甚了然，其稍后的一道奏章又回到了“天下观”里“番地不属界内”的老调：“惟念边衅易开不易弭，番地腹地，究有区分，如果倭兵扰入台湾腹地，自当督饬镇道鼓励兵团，合力堵剿。若仅以戕杀琉球难民为名，与生番复仇，惟当按约理论，不遽声罪致讨，以免衅开自我。”
这种“番地”、“腹地”的区分，难免又被日本曲解成“番地无主”。故而，总理衙门再次发布上谕，严厉强调：“番地虽居荒服，究隶中国版图，其戕害日本难民，当听中国持平办理，日本何得遽尔兴兵，侵轶入境。若谓该国仅与生番寻仇，未扰腹地，遂听其蛮触相争，必为外国所轻视，更生觊觎。衅端固不可开，体制更不可失。该督惟当按约理论，阻令回兵，以敦和好，不得以番地异于腹地，听其肆意妄为也。 ”“天下观”里的“番地”、“腹地”概念必须服从于“世界观”下的领土主权，这是清廷对台湾是中国领土的最清晰表述。
两边声明走了一波，西乡从道还是带着他的探险队出发了，不可衅自我开的清军还是选择了克制，居然让西乡从道在琅峤登了陆。已经完成了军事改革的日军，打一群只是勇武的生番，自然是皇军武运长久，牡丹社酋长阿实禄父子等一开战便战死沙场，让日本人报了琉球难民之仇。然后日军便开始了臭不要脸模式，以龟山为中心建立都督府，准备赖在台湾不走了。
清政府得知日军侵犯台湾消息后，立即向日本政府提出质问，并派福建船政大臣沉葆桢率军直赴台湾。沈葆桢等到达台湾后，一面与日军交涉，一面积极备战，不过迟迟没有开火。日军由于不服台湾水土，士兵病死较多，日本政府也知道不能立即军事占领台湾，不得不转而寻求外交手段解决问题。
六月初夏生番出草，十月初九两边就又在北京谈上了。日本派大久保利通为全权大臣，到北京与总理衙门谈判。大久保利通此行带了不少国际法专家，准备用国际法与中国辩论台湾“番地”的主权问题。谈判长达四十多天，中日共举行了五次会谈，均是讨论“番地”主权问题。大久保利通频繁援引《万国公法》，总理衙门诸大臣尽管在“番地”主权问题上寸步不让，但对《万国公法》，却自始至终采取回避态度。恭亲王给大久保利通的照会中说：“本王大臣未能详悉泰西公法全书精义，不敢据以问难。”文祥也在问答中说道：“至大久保所说《万国公法》，并无中国在内，不能以此责备中国。”
清廷以软（谈判）硬（备战）两手迫使日军撤离台湾，保全了台湾领土主权，但仍是事件中的大输家——日本内务卿大久保利通曾欢呼此事的了结：“呜呼！此诚为古今所罕有，终生所无的大业！” 因为清廷与日本签订了结此事的《北京专条》里有这样两条不是人话的记载：其一、“兹以台湾生番曾将日本国属民等妄为加害, 日本国本意为该番是问, 遂遣兵往彼, 向该生番等洁责。”——这等同于承认了之前被台湾番民杀害的琉球民众属于日本，为日本吞并琉球留下了口实。其二、“日本国此次所办，原为保民义举起见，中国不指以为不是。”——清廷只求日本撤兵，余概不问，是非之颠倒莫此为甚。而且日本人也像果兴阿一样，利用不得不的撤兵，讹诈了大清足足五十万两白银。
“诸位，可以开始谈判了吗？”合约刚刚签过字，大久保利通正满心欢喜的准备回去庆祝的时候，一个懒洋洋的声音从大堂门口传了过来。
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