将德川家康和石田三成这两个心腹之患请出大坂后，照理说，秀保总算是可以静下心来处理政务了，但事实却并非如此。
经历此番大战，秀保已然开始在日本慢慢确立起了统治地位。在军事上，秀保依靠自身实力和安插在各地的盟友保持着绝对的优势在政治上，他以秀赖后见的名义把持着丰臣政权的中枢，也是不可撼动在经济上，他凭借庞大的石高和对勘合贸易的垄断，已经将丰臣宗家和其他大名远远甩在身后。
可就是在这样的形势下，大坂内外还是时不时地传出一些杂音，这主要还是在于秀保彻底废除了大老奉行制度。事实上，秀保当初和前田利政、宇喜多秀家、浅野长政说的比较模糊，只是明确废除了大老奉行联席会议，但还是保留了上述三人大老、奉行的职务，一定意义上仍让大老奉行制度苟存下去。但随着形势对秀保逐渐有利，且为了排除宇喜多秀家这个“不确定因素”对自己的威胁，他心中一横，索性彻底废除了这个延续了近三年的制度。取而代之地，是秀保和家臣精心炮制的“七司九曹十二所制”。
回溯镰仓幕府和室町幕府乃至丰臣政权的展历程，对最高掌权者取而代之的，往往是其初期最为依仗和信赖的力量：源赖朝的妻族北条氏以“执权”之职总揽幕府大权为足利尊氏建立幕府立下赫赫大功的“三管四职”却以“应仁之乱”为室町幕府敲响了丧钟丰臣秀吉在世时低眉顺眼、恭恭敬敬的大老奉行们，转眼间就成了吃人的猛虎，将丰臣氏的天下撕个粉碎。
为了避免重蹈覆辙，秀保必须制定出一个全然不同以往的崭新制度。
“可以有权，但不能专权。”席间藤堂高虎的一句话点醒了秀保：如今形势大好，为何不效仿大洋彼岸的大明，一举强化中央集权呢？经过多个昼夜的商讨谋划，参考历史上中日两国的展历程，结合日本当前实际，秀保最终一锤定音，“七司九曹制”应运而生。
七司，作为丰臣政权名义上最高的行政机构，源于五奉行职能的分解细化，由强力大名居住伏见担任最高长官“司判”，主要包括以下七部分：
武卫司：丰臣政权的最高军事机关，负责全国范围内军队的征调
布政司：丰臣政权的最高民政机关，负责全国范围内的民政事务，最主要的是各地代官的任免，大名家中家老变动的批准，以及后续即将推进的科举诸事宜
都察司：丰臣政权的最高司法机关，主管全国刑罚政令及审核刑名
度支司：掌管全国土地、赋税、俸禄、粮饷、财政收支
秉礼司：掌管寺社祭祀、陵寝之礼乐及制造典守事宜，负责与皇室对接
营缮司：掌管全国工程事务，各地城池修缮普请皆需按规定向其报请批准
勘合司：掌管海外贸易，由秀保直接委派大名兼任。
九曹，作为秀保直属的政策执行传达机构，类似汉代丞相府中的曹属，直接听命于秀保，负责将七司的决策和建议递交给秀保进行最终决断，拥有对七司政策的指导权和建议权，多由秀保谱代家臣担任最高长官“曹掾”。虽说名义上只是秀保的私人机构，但实则成为压制和削弱七司的重要力量。主要包括以下九部分：
兵曹：又称东曹，军势征调的最终审核和报批，大名麾下军势规模摸排和督查，对接武卫司
吏曹：又称西曹，各地代官、大名家老变动的最终审核和报批，对接布政司
市曹：负责全国各地市井治安的维持有专属军势，大名城下町建设的最终审核和报批，对接布政司
刑曹：刑法政令的最终审核和报批，对接都察司
户曹：户籍、军需的最终审核和报批，对接度支司
税曹：税收征缴入库、政策制定的最终审核和报批，对接度支司
奏曹：主掌与皇室、寺社对接，与“武家传奏”关系紧密，对接秉礼司
工曹：各地工程建设、城池普请的最终审核和报批，对接营缮司
监曹：对各地代官、大名行为的监督和记录，对行为不端、意图不轨者及时上报并采取措施，不对接所司，具体人员构成不明。
综上可知，七司制度是对之前大老奉行制度的继承，地位名义上也与之前大致相当，而九曹皆为秀保直属，虽独立于丰臣政权之外，却拥有最终的决定权。个中深意不言而喻，就是要将丰臣宗家掌握的权力进一步向大和丰臣氏转移，避免再次生强力大名占据中央，挟天子以令诸侯的情况生。
基于这一目的，秀保确定了批司判和曹掾的人选：
武卫司：加藤清正布政司：前田利政都察司：宇喜多秀家度支司：浅野长政秉礼司：片桐且元营缮司：池田辉政勘合司：后藤基次。
兵曹：岛清兴吏曹：藤堂高虎市曹：那须资吉刑曹：福岛高吉户曹：小笠原忠请税曹：桑山一晴奏曹：长束正家工曹：武田胜亲监曹：浅井秀政。
除此之外，为更好地将中枢的政策落实到各地，同时避免七司专权瞒报，秀保还在七司之下6续设置了赋别、安堵、官途、寺社、普请、锻钱、贡举、检使、目付、护卫、造营、宿驿等十二所，选取心腹家臣及亲近大名家中宿老重臣担任奉行，负责政策的切实执行，并将执行情况及时向七司和九曹反馈。
如此一来，取代大老奉行制的“七司九曹十二所”制度在秀保的强压下，于会津之战的第二年，即庆长六年正月正式施行。司判、曹掾皆妥善安排好领内事务进驻伏见城办公，十二奉行也在随后的三个月中6续赶来伏见，接受秀保的任命和安排。
有人说，“七司九曹十二所”是对丰臣秀吉制度的推翻重来，是秀保强化自身权力的一项强有力的举措也有人说秀保还是顾及了丰臣宗家的颜面，七司判中除了后藤基次，皆为受过太阁恩典的大名，且十二所仍以“奉行”为，也算是变相保留了“奉行”之职，对宗家和尾张派也算是有所交代。
可事实上，此处的十二奉行与当初总揽中枢大权、动辄可以调动千军万马的五奉行相比，实在不值一提，奉行的职责也从主动地决策指挥变成了被动地执行。
不仅如此，名义上七司取代了大老奉行的地位，成为新的决策机构，但在九曹和十二所的压制和牵制下，他们的权力遭到很大地限制和削弱。特别是随着秀保在各地势力的不断深入和巩固，九曹的权力大大增强，秀保一手扶植的十二所也对七司阳奉阴违，从接受七司的命令逐步转变为接受秀保的直接领导。
因此，后期七司权力逐渐萎缩，职能也由决策机构变成了咨询机构，近乎成了可有可无的存在，不少司判自觉驻留伏见无可作为，便向秀保申请返回领地，致使七司时常出现空缺，这更是加了七司的衰落，助推秀保势力的壮大。中途，虽有片桐且元等人坚持维护七司的权威，但无奈大势已去，最终难有起色。
当然，这些都是后话了，至少在“七司九曹十二所”刚成立时，不论是丰臣宗家还是各地大名大都还是认可的，毕竟有前车之鉴，谁也不希望再出现一个能左右国家政策、架空宗家的机构出现，将权力进行如此分散，多是被看作是主家衰弱的情况下不得已而为之。鲜有人意识到，这个制度的背后，是秀保权力的进一步膨胀，昔日五大老、五奉行掌握的决策权，正潜移默化地转移到秀保一人手中，与此同时，他身后的暗流似乎也更加汹涌了。
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